わたしにとってネックはギター製作作業の中で一、二番目を争うくらい神経と労力を使う箇所です。
まさにネックですね。
材料はシダー材を主に使います。といっても表面板に使うシダーとは種類が違いますし、国産の杉とも違います。
ギター製作に使う材は外国産の木材が多く、翻訳途中で誤解を生むような表記になってそのまま定着してしまったものが多いようです。
表面板のほうはレッドシダーというヒノキの仲間です。
マホガニーは密度が程よいものはとても良いですが、わたしの設計だと少し重量オーバーなものが多いので使用頻度は少ないです。
シダーでも密度、柔らかさにばらつきがありますので、薄めのネックを希望された際は補強材を埋め込むこともあります。
補強材は欲しい重量によってカーボンや黒檀などを使います。
ネックのヘッドには横裏板と同じ材の薄板（ヘッドフェイス）を貼ることが多いです。自分の好みではありませんが、装飾のためツキ板をはさんで接着する事もあります。

肝心のサイズですが、目安として0フレットと１２フレットでのネック幅、0フレットと9フレットでのネック厚さで表示します。
一般的に幅は0フレットで52mm、12フレットで62mmほど、厚さは0フレットで21～23mm、9フレットで22～25mmほどです。
ここはプレイヤーの好みでかなり変化させます。そのサイズはプレイヤーの手の大きさ、演奏スタイルでかなり変わってきます。
ネックの断面形状も平たいものが好きな方と丸みをもったものが好きな方と分かれるようです。
打ち合わせや製作途中に試奏してもらって決めることもあります。

クラシックギターではローズウッド系、メイプル系、サイプレス（シープレス）系が主に使われます。
単板で製作する場合、通常裏板（バック）と横板（サイド、リブ）は同じ種類の木が使われます。
設計によっては張り合わせて合板にする場合もあります。

ローズウッドはマメ科の植物で、代表的な使用材はインディアンローズウッド、ホンジュラスローズウッド、マダガスカルローズウッド、ハカランダ（ブラジリアンローズウッド）、アフリカンブラックウッドなどがあります。

メイプルはカエデ属の植物で、ヨーロピアンメイプル、ロックメイプルなどを使いますが、木目（杢）の取り方で呼ばれることもあります。フレイムメイプル、カーリーメイプルは柾目取り、バーズアイメイプル、キルティッドメイプルは板目取りです。

シープレスはイトスギ属で、私はスパニッシュシープレスと呼ばれるものしか知りません。カナディアンシープレスは種類が違うと聞いています。軽く、歯切れが良い音がしやすいので、主にフラメンコギターに使われますが、クラシックギターに使っても面白いです。

これら大まかに分けたそれぞれに木材として特性があり、また個体差もありますので、狙う音質に合わせて種類を選択したり厚さを変えて使います。

クラシックギターでもっとも使われている表板は各種スプルース、シダーです。
大雑把に情緒的に言うとスプルース系のギターは締まった音質、シダー系のギターは温かい音質と言えると思います。
スプルースはヨーロッパ系（ジャーマンスプルースと言われている材など）は繊維の縦横比が北米系と比べて小さいのが特徴です。
ギターの設計の段階でこれはたいへん重要なポイントになります。
最近（でもないが）流行りのダブルトップのギターは音の反射の関係で外側（表側）に使われている材の音質を持っているように感じます。
また、表板の裏側に接着する各種バーの配置や大きさ、木の種類によって表面板の振動のスピードや反応の大きさをコントロールします。
プレイヤーがどのような音を求めているのかによって、この辺のパラメータを変化させてギターを作っています。
また同じ種類の材料でも一つひとつ個性がありますが、主に比重、弾性、堅さで判断して、厚さ等を決めています。